La microbiota intestinal es un término utilizado para definir los microorganismos bacterianos que se encuentran en el tracto digestivo. La microbiota representa mas de 10 veces el total de las células de nuestro organismo, contiene aproximadamente 150 veces el material genético del ser humano y está constituida por especies de Firmicutes y Bacteroidetes (80-90%) , Actinobacteria y Proteobacteria. En la actualidad múltiples estudios demuestran que el ejercicio físico aparte de mejorar la función endotelial y reducir los niveles de proteína C reactiva,  incrementa la diversidad de la microbiota y regula su distribución y metabolitos . Se ha demostrado que la diversidad bacteriana disminuye en individuos sedentarios ancianos en comparación con ancianos que hacen ejercicio. La actividad física habitual es anti inflamatoria y protege contra el desarrollo de enfermedades crónicas. Estudios recientes han relacionado la disbiosis intestinal (desbalance del equilibrio bacteriano de la microbiota normal) con la presencia de ciertos microorganismos lo cual trae como resultado el incremento de la respuesta inflamatoria. Estudios en animales y en seres humanos demuestran el papel beneficioso que tiene el ejercicio en la función inmune del intestino y en las características de la microbiota. Existen diferencias entre la microbiota de la persona que realiza ejercicio en relación a la persona sedentaria. Algunos tipos de microorganismos pueden producir sustancias que inhiben la arteriosclerosis, sin embargo existen muchos interrogantes como es determinar que tipo de ejercicio aerobio o anaerobio logra un mejor efecto terapéutico, la intensidad del ejercicio y el horario en que se practica.